È la chiesa sotterranea che si trova sotto le tre cappelle, la centrale e le due del Sacramento e del Crocifisso. È un ambiente proprio delle chiese romaniche. Appropriata la planimetria architettonica: nella parte centrale, in origine, sorgeva l’altare e le finestruole sono disposte in modo che concentrino i raggi di luce proprio su di esso: interessante accorgimento di un abile architetto. In passato ospitò la Confraternita Segreta della S. Mortificazione e Penitenza, sotto la protezione del Santo Crocifisso, fondata nel 1680 dal gesuita P. Pietro Rizza, ma non ebbe lunga vita, però ancora lungo le pareti esistono i sedili in noce che servivano per i confrati.

[…]Oltre alla linea architettonica originale in essa ancora possiamo ammirare infissi nel muro le sagome di due leoni romanici e delle pietre con epigrafi in carattere gotico. Nei lavori del secolo XVIII per l’erezione della cupola il suo spazio subì una forte riduzione a causa dei pilastroni di supporto di essa che scesero profondamente fin sotto il suo pavimento. Non sappiamo se nella originaria strutturazione della chiesa si potesse da questa scendere in essa per una scala non più esistente ma testimoniata forse ancora dalla bifora accecata della facciata proprio a livello della sua volta, la cui esistenza diversamente non avrebbe alcuna spiegazione plausibile

(Salvatore Calogero Virzì, SDB, La Chiesa di Santa Maria di Randazzo, p.175, n°10)

Il 6 dicembre 2007 la cripta è stata riaperta al pubblico come originario luogo di culto, pertanto parte integrante della chiesa. Infatti, nei mesi invernali viene celebrata la messa feriale e nei tempi forti dell’anno liturgico (Avvento e Quaresima) si celebrano le lodi mattutine e i vespri. Inoltre, vengono svolti in essa altri momenti di preghiera, quali recita del Rosario, Adorazione Eucaristica, Veglie ecc. Durante di Natale viene allestito il presepe ed eseguiti concerti natalizi.